申时行与王锡爵日间的简单会晤没有达成一致看法，或者应该说两人都没法准确断定高务实在本次京察中的实际目的。
京察嘛，搞掉一些对方的人，换上一些自己的人，这是正常操作，大家都是很清楚的。只不过高务实做事对于他们而言有时候显得太过天马行空，很难抓住他的意图来进行相应的准备。
申时行倾向于认为高务实打算在南京官场动大手术，换言之就是把南京的实权拿到手。
虽然说京察主要针对的是四品以下官员，南京六部的堂上官们是直接找皇帝交自陈，最终由皇帝决断谁留谁滚蛋，但实际上四品以下官员掌握实权的并不少。
与绝大多数朝代不同，有明一代是正式实行“双京制”的。众所周知，南京作为中国历史上少有的十几个政权定都的城市，其地理优势不言而喻。
朱元璋起兵之时就对南京的优势非常清楚，他前期的谋臣冯国用就曾建议朱元璋先定金陵，曾向朱元璋建议：“金陵龙蟠虎踞，帝王之都，先拔之以为根本。然后四出征伐，倡仁义，收人心，勿贪子女玉帛，天下不足定也”。
由于当时江浙的经济优势冠绝南方，所以占据南京就等于拥有了江浙的财富根基，因此朱元璋也能够在处于四战之地的情况下游刃有余，扫平了陈友谅、张士诚，进而北伐中原。
但是这并不代表朱元璋对定都南京是完全满意的，其实在朱元璋的心里，南京过于偏安一隅，不能够稳定全国，一直有所谓“以金陵为南京，大梁开封为北京，朕于春秋往来巡守”的想法。
不过等到洪武十一年，朱元璋经过深思熟虑之后认为，大梁也就是开封由于地理位置是四战之地，并不适合成为都城，但朱元璋从未放弃过寻找新的都城，他的目标有三个：“洛阳、西安、北平”。这三个城市各有优势，不过朱元璋还没来得及做好决定就驾崩了。
朱棣发动靖难之役夺取皇位之后，几乎立刻开始考虑迁都问题，原因也很简单，毕竟北京是自己的“龙兴之地”，所以他非常的想给自己的承继大统加上一个合理的理由，所谓“自昔帝王，或起布衣，平定天下，或外藩入承大统，而于肇迹之地，皆有升崇。”
另一方面，北京地理位置更加利于对抗蒙古、控制北方，所以朱棣决定迁都。到了永乐十八年，北京宫殿营建完毕，朱棣彻底决定迁都北京，而改南京为留都，但是这并不代表明朝从此就把北京当成唯一的都城了。
朱棣死后，明仁宗朱高炽一度想要迁都回到南京，后来明宣宗及时叫停，从此北京的地位才开始稳固。
都城迁了，但并不代表机构也完全搬过来了。当时的情况是南京的衙门由于在迁都过程之中还得审理案子，维持全国运转，所以就没有裁撤，而迁都完成之后南京衙门就没用了，所以永乐后期南京的六部前面全部加上“南京”二字，这样也就形成了明朝独具特色的南京六部。
南京的六部相比北京的六部，其实看上去也没差太多。根据大明朝廷的制度，六部各设有尚书一人正二品、左右侍郎各一人正三品，都察院设有左右都御使正二品、左右副都御史正三品、左右全都御史正四品，下辖十三道监察御史一百一十人。
这些机构南京也是有的，但与北京六部仍有区别：南京的六部是没有左侍郎的，吏部的衙门也没有员外郎，南京都察院也没有左都御史。
南京六部平时基本上没有什么事，比如南京刑部只能管理南京的案件，别的地方的案件无权审理；南京的吏部也是只能考核南京地区的官员。大部分的南京衙门都是养老的圣地，大家从北京退休就到南京享受待遇，不亦快哉。
但是这并不代表南京的衙门就不重要了，作为巩固大明帝国陪都的系统，南京六部在关键时刻比如说清兵入关还是能发挥作用的，至少直接就能接管半壁江山，可见平时大家都认可“南京管理南方”这一思路。不过平时南京的最高行政机构却不是南京的六部，而是南京的“守备会议”。
南京平时是设立一个守备的，作为替天子看守南京的存在，南京守备大部分都是王公大臣，其中绝大多数时候由魏国公出任。而由守备、参赞、内守备等官组成的守备厅会议，则是南京最高权力所在。
这个组成有一定的制度性，其中南京参赞机务是南京兵部尚书兼任的，所以南京兵部尚书也是南京六部里面作为特殊的存在，它确实是有实权的，而且实权很大，所谓：“故其职视五部为特重云”。
北京六部里面吏部尚书被称为“天官”，可以掌握四品以下官员的升迁任免，对于更高级官员的任免、调整，天官也有极强的建议权。但是南京六部里面则以南京兵部最强，可以掌握南京地区所有的军队训练和守备军费，也就是说南京兵部尚书在关键时刻可以调动军队支援北京。
不过南京的六部毕竟是陪都的六部，实际上无论干什么都得被北京六部牵制。比如说南京的礼部想要举行祭祀活动就得先请示北京礼部；南京吏部的官员选拔被北京吏部掌握；南京户部的财政虽然自己去收，但收完之后得上交给北京户部诸如此类。
所以实际上也有不少南京官员感觉很憋屈，毕竟虽然名字差不多，官员地位指行政级别按理说也一样，但是实际上北京官员是正妻，南京官员只能算妾侍。
申时行的看法是，高务实可能会利用南察掌控南京六部实际管理各项事务的郎中、主事们与北京六部一样，尚书、侍郎不可能亲自管理到具体细节，细节事务的管理权都在各部各司郎中和主事的手上。
郎中正五品，主事正六品，都在南察的范畴之内。在申时行看来，高务实要直接换掉南京六部的堂上官还是很难的，但如果只是换一些郎中、主事之流，在祭出了海刚峰之后，那就完全可能办到，而这样也能实际掌控南京的行政体系反正尚书侍郎们在大事上也得听北京的，这么做等于把南京六部架空，上下两不挨。
至于守备会议，南京守备勋臣是高务实捧起来的魏国公徐邦瑞，南京内守备是陈矩的人，仅剩一个南京兵部尚书又是个中立派，高务实不必插手也不会坏他的事。
不过王锡爵的观点和申时行却不同，他认为高务实不会“全面开花”，而一定会有所侧重。这个侧重，王锡爵认为十有八九会是在财政问题上。确切的说，很可能应在南京户部头上。
南京户部也是有一定实权的，它负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮此四地所交税粮几乎占了大明一半，同时还负责漕运、全国盐引勘合。
特别是盐引堪合这件事，明朝从始至终一直由南京户部负责这一事务，其中只有两年南京户部不负责这个事务：正德三年，刘瑾变法，改由北京户部负责，“南京引板，俱令销毁”；但在正德五年，刘瑾被诛后户部奏请“刷印盐引，仍隶南京户部”，获得批准。此后一直未变。