宋良佐这边刚刚散会，进剿一事却已被某些四川官员紧急密告播州。杨应龙得知后轻蔑一笑，道：“这新来的宋抚台有些意思，难怪偌大年纪也没能挤进部堂，果然是个不晓事的，竟想以武力逼我就范。孙先生，你对此可有高论？”
这位孙先生名叫孙时泰，颇值得一提。此人乃是浙江余姚人，那一代包括绍兴在内都是在整个大明朝盛产师爷的地方。孙时泰在播州杨氏地位也比较特殊，相当于军师，只有足智多谋的人才能当得起这个大任。
不过孙时泰与寻常师爷不同，他学的是帝王术，而且是其中的“霸道”——帮助他人成就一番霸业的学问。据说孙时泰此前在京城时夜观星象，见西南“客星犯紫微”，认为有改朝换代的变故，于是遍访明主，终于找到了西南的杨应龙。
其实杨应龙早前并无反意，他不过是土皇帝做久了，嚣张跋扈成了习惯，后来闹出事只好把儿子杨可栋当做人质送去重庆。
这里有一段后世基本很少谈起的旧事，但却与杨应龙“造反”关系很大，值得一说。之前已经提到，为了报复五司，杨应龙采取各种手段对付五司，加快了迫害五司的步伐。
由于高务实当年南迁广西众多土司至安南，使广西土司旧地大部分改土归流，朝廷在广西的权威大幅提高，广西的经济发展也在高务实的规划和安排下在近几年快速提升，终于从一个朝廷财政上的无底洞变成了现金池，这给了朝廷将其他土司逐渐改土归流的信心和动力。
在这种情况下，杨应龙与播州下辖五司的上述种种矛盾经过发酵，五司将杨应龙罪状上报明廷，时任贵州巡抚叶梦熊立刻上疏要求播州改土归流。
其实播州的问题早在嘉靖时期就已进入朝廷的视野，当时川贵守臣为了本省利益就播州归属问题引发争执。此番播州下属五司奏报送达朝廷，朝廷介入此次播州问题，使原本简单的问题变得复杂化，同时也使得播州杨氏土司丧失了处置此次问题的主导权。
随着解决问题的主导权丧失，杨应龙惧怕外部势力的介入损害播州杨氏土司的利益。在这一时期，杨应龙的行为越来越激进，但激进的行为没有解决问题，反而将问题上升为播州杨氏土司与朝廷的矛盾，最终导致播州杨氏土司彻底与朝廷决裂。
首先是川黔官员倾轧的问题，贵州建省以后，播州地理位置的重要性逐渐凸显，遂成为贵州守臣争夺的对象。播州地理位置优越，连接湖北、四川、贵州，是重要的战略要地。播州地处黔北，与四川毗邻，经济开发较早，经济发展状况相比贵州其它区域较好。
四川先进的生产方式与人口先入播州，因此播州的农业、手工业、商业等都有良好的发展。播州地理位置优越，经济发展良好，播州土兵实力强大，自然而然成为川黔官员争夺的关键。
其次是周边土司的问题，他们首鼠两端摇摆不定，给了明军一定的机会。播州周边土司中，石柱土司与播州杨氏土司关系较好，双方在杨应龙时期互为姻属。石柱马氏土司(秦良玉的夫家，白杆兵就是他家的)希冀彼此庇护，从而政治联姻播州杨氏土司，杨应龙也希望借助石柱马氏的力量扩充自己的实力。
不过这种关系随着杨应龙反明烟消云散，石柱马氏土司没有与杨应龙一起起兵反明，反而是兵戎相见。原历史上石柱马氏土司在平播战争中出力颇大，甚至有挽救明军危局一事，不过此时宋良佐还没有动用马氏土司的意思。
杨应龙此前被叫去重庆受审，最终是花了两万金，但其中还有玄机前文没有说清。由于此前朝廷一直在准备伐元大决战，对于西南土司的事情基本上是要求能拖则拖，等伐元结束一切都好办。西南官员们得不到朝廷军威支持，只好对杨应龙此前的违法行为示之以威，但难以强迫。
事态僵持到去年五月，重庆知府王士琦单骑赴会，在松坎接见杨应龙。这一次，杨应龙不施展兵法，反倒玩起了演技。他把自己捆绑起来，跪在路旁痛哭请罪，还膝行迎接王士琦，磕头磕到头破血流——补充一下，这一手就是那位孙时泰孙先生教的。
不仅如此，他还献出黄元、阿羔、阿苗等十二个替死鬼，抵销自己的罪责，并认罚四万金，协助朝廷采木。最终重庆方面议定杨应龙革职，由其长子杨朝栋代理职务，暂时羁押其次子杨可栋为人质，等杨应龙如数缴纳罚款再行释放。
杨应龙是真心归顺，还是缓兵之计？史料没有明确记载。当时高务实与诸位实学同僚讨论，认为杨应龙在这段时间以内可能的确有罚款赎罪的打算，否则他不会交出次子为人质。当然，待缴纳罚款、赎回次子之后，他仍有可能再度反叛，但中间应该会有一段相对的和平期，这也是高务实当时只是不紧不慢地召回刘綎去坐镇四川的主要原因。
然而人算不如天算，意外事件发生，扼杀了和平的希望：杨可栋死于狱中。死亡时间在杨应龙和朝廷达成认罪协商、签署赎罪协议后不久，而那时候高务实已经身兼蒙元经略，全副身心都在出兵塞外之上，且这个消息传到京师的速度不够快(因为不是军情)，最终让高务实错过了这条重要信息。
事实上杨可栋的死是自然死亡——不仅重庆官员是如此上报的，从情理上推论也只能如此。因为重庆官方实在没有理由放过杨应龙及嫡长子杨朝栋，舍弃四万金财政收入，只索要相对并不重要的杨可栋性命。要知道，此时杨应龙的罚金还只交了一半，也就是前文提到的两万金。
但沉浸在丧子之痛中的杨应龙显然不会这样认为，自觉献策失误的孙时泰也有些恼羞成怒，开始把脏水泼给重庆官方甚至朝廷。
杨应龙强硬要求重庆地方官归还杨可栋的遗体，而官方因为要考虑朝廷威严，显然不能你说如何就如何，便以尚未完成勘报为由拒绝，并敦促播州缴纳赎罪金。
这下杨应龙自然大怒，丢下一句“假如我的儿子复活，银子就能送来”，然后率部驱使一千多名僧侣，举行招魂仪式，驰返播州，他认为这样可以把杨可栋的灵魂带回故乡。
杨应龙也有慈父的悲痛这可以理解，但并不能构成他迁怒于大众的借口，大明朝廷显然也持相同观点。
何为迁怒？他做的恶事太多，这里随便举一例就行了。另一位告发杨应龙叛乱的举报人宋世臣，其父亲宋銮在家中被杨应龙带兵打上门去。
杨应龙的做法是：在父亲面前强奸女儿，当着丈夫的面强暴妻子；强迫俘虏裸体坐在木丛里，当作射箭取乐的活靶子；把蛇塞进男俘虏的菊花、女俘虏的(省略)，然后放火烧蛇尾，着火的蛇吃疼，爬进人的腹中，人蛇一同惨死。
在以上这段时间里，孙时泰扮演了重要角色。与杨应龙本意只想恢复祖业、自保播州不同，孙时泰的目标很明确：问鼎中原改朝换代。他也提出了厚结抚苗、重修海龙屯、招兵买马、整顿内务、出动出击、以攻为守等建议——孙时泰是实实在在的想造反。