北路军打垮了清军江北大营，任务远未结束。江北一带，还有另外一个棘手的敌人：捻军。
若说是敌人，也并不恰当。因为大部分的捻军都是反清的，算是革命军的天然盟友。但捻军是民间武装，带有根深蒂固的落后性，与帝国纲领格格不入。帝国要想在江北建立稳固的基层政权，必须除去捻军。
捻军起源于“捻子”。“捻”是淮北方言，意思是“一股一伙”。捻子亦民亦匪，所谓“居者为民，出者为捻”，农忙为民，农闲为捻。
1851年，捻子在豫南聚众闹事。
1852年，皖北大旱，入捻农民增多。当年，捻众在安徽亳州雉河集歃血为盟，推张洛行为盟主，起义抗清，号称“十八铺聚义”。捻子正式成军，建立黄、白蓝、黑、红“五旗军制”。
黄河决口后，淮北一带洪水滔天，农民流离失所，被迫入捻。淮河南北，遍地皆捻。各路捻子会盟，公推张乐行为盟主，正式组建捻军。
太平天国时期，张乐行接受太平天国封号，但拒绝收编，“听封不听调”。
杨烜建号称帝后，派情报局特工招抚捻军。张乐行愿意归顺革命军，被授予陆军上校军衔，但捻军内部意见分歧。
1855年初，黄旗主张乐行、白旗主恭得树等人主张南渡淮河，配合革命军作战。其他各旗反对。
张乐行一怒之下，袭杀了很多反对者。尽管如此，其他各旗主仍然带着各自的捻军返回淮北。
步一师渡江后，捻军积极配合。攻破江北大营后，步一师与并肩战斗的捻军发生了一场严重的冲突。
事情虽然平息了下来，却传到了杨烜耳朵里，促使他下定决心：必须彻底收编捻军，肃清苏北。
当时，步一师正在猛追江北大营败兵。一支捻军听说清军溃败，乘夜前往清江浦劫掠。
清江浦是满清南河总督驻地，位于今淮安市主城区，是京杭大运河畔的商业重镇，有一条二十里长的沿河街市。满清朝廷在清江浦设有皇仓，专门储存粮食，隶属于户部，还有四个大型造船厂，隶属于工部。
这里是南北交通要冲。北方人南下往往走陆路，在此换乘船只走水路，南方人反之。革命军在此驻有一个连的兵马。
一千多个捻军打算抢劫清江浦的街市，被革命军阻拦。双方擦枪走火，爆发了严重冲突。
事件导致二十四名革命军人阵亡，捻军则担心受罚，连夜逃往皖北，背叛了革命军。
捻军一向唯利是图，首鼠两端，杨烜对他们素无好感。但捻军又是一个复杂的群体，有张乐行、龚得树这样的行侠仗义之人，也有李昭寿、刘饿狼那样的见利忘义之徒。
大部分捻军在革命军、清军之间首鼠两端，革命军强时便投靠革命军，清军强时便投靠清军。
譬如，捻军出身的李昭寿，一度割据滁州。此人毫无底线，在太平军、革命军、清军之间左右摇摆，臭名昭著。曾国藩曾一针见血地评价他“暴戾险诈，最难驯驭”。
除了捻军，淮北还有大量的地主团练，以抵御捻军为名，行割据地方之实。
最典型者莫过于苗沛霖。苗沛霖人称“小周瑜”，以“筑寨”、“积粟”、“治兵”为方针，“高筑寨，广聚粮，先灭贼，后称王”，势力迅速膨胀。
他一度割据皖北，在太平军、清军、革命军之间左右逢源，占据临淮、颍上、寿州等滨淮地区。
（历史上，太平天国英王陈玉成就死于苗沛霖之手。当时，陈玉成在安庆战败，太平军损失很大。陈玉成急于恢复实力，向苗沛霖借兵，孤身轻入苗沛霖的老巢。
（苗沛霖俘虏陈玉成，把他献给清朝钦差胜保。不过，苗沛霖狡诈反复，最终被清朝僧格林沁剿灭。苗沛霖割据皖北，一度拥军十余万，被公认为中国近代史上第一个军阀。）
不管是捻军还是地主团练，他们都取得了当地基层政权，控制了当地社会。
只要本地的农民加入捻军或者团练，就可以得到捻军或者地主团练的保护，官府不能收税，盗匪不能侵扰。他们还插手基层纠纷，代行官府之权，百姓为之信服。
清军占据皖北重镇，派官差向当地农村收取赋税。捻军和地主团练就发起“抗粮杀差”运动，袭杀官府派来的粮差，使官府威信荡然无存。