幕府大老井伊直弼本对征伐长州没有信心，得到中国方面的保证后，井伊直弼才行动起来。他奏请明孝天皇发布诏令，宣布长州藩为“朝敌”，令幕府组织军队，讨伐长州藩。
此时幕府威权尚在，下令西国二十一藩出兵，加上幕府直属军队，凑成了八万兵马。井伊直弼知道，这八万兵马能否征服长州藩，关系到幕府的威信，亦关系到自己的大老之位。
幕府将军的正式职务是“征夷大将军”，若要征伐外藩，通常由将军亲自出马。如将军不便出马，通常由亲藩大名代替将军，出任幕府军总督。
所谓亲藩大名，即为与德川氏有血缘关系的藩国大名。除了御三家、卿三家外，还有其他藩国同样由德川氏担任藩主。他们与幕府血缘相近，与幕府政策亦步亦趋，被称为亲藩大名。
亲藩大名皆为德川氏，对幕府大权旁落非常不满。自古至今，幕府政权皆由将军直系或者亲藩大名掌握。可如今，井伊直弼以谱代大名的身份掌握幕政，将亲藩大名排挤在外，受到亲藩大名的敌视。
因为谱代大名是关西合战前归顺德川家康的大名，算是德川氏的家臣。家臣篡夺了主家的权位，怎不令亲藩大名恼火？
可这些亲藩大名要么养尊处优、才能卑下，要么与井伊直弼不和，不能受到重用。
为此，井伊直弼特意从京都召回京都守护官、长津藩藩主松平容保，任命他为幕府军最高统帅“总督”。
会津藩松平氏，同样为亲藩大名。只不过，松平氏在德川氏中地位不高，血脉亦不纯正。
松平容保原是高须藩藩主的儿子，后来成为会津藩的嗣子，顺利接任会津藩藩主。高须松平氏为德川御三家之一尾张家的分支。松平容保与兄长德川庆胜、德川茂德、弟弟松平定敬四人，皆为一时俊杰，共称“高须四兄弟”。
松平容保坚定维护幕府制度，被称为“王朝守护者”。井伊直弼对他很信任，派他担任京都守护职，兼有监视朝廷之意。
这次担任幕府军总督，是件吃力不讨好的活。松平容保与井伊直弼一样，都想尽力维护幕府制度，在现有基础上对幕府做出改良。
长州藩的叛乱行为绝对不能姑息。否则，幕府威望将进一步降低，甚至面临崩溃的风险。
8月上旬，幕府军准备完毕，向长州藩开去。松平容保自率主力前往广岛，副将间部诠胜率领偏师前往小仓，在战略上形成包围长州之势。
12日，萨摩藩士西乡隆盛前来拜见松平容保。此次幕府征长，要求萨摩藩出动五干兵马扈从。萨摩藩为西南雄藩，兵力雄厚，西乡隆盛又长期掌管萨摩军队，因而受到松平容保的重视。
然而，西乡隆盛带来的却是一个十足的坏消息。他开门见山地说道：
“总督大人，我奉齐彬公之令，特来告罪。萨摩藩在鹿儿岛中伤亡惨重，元气大伤，至今不能恢复。此次出兵征长，萨摩藩无法凑足五干之数，只能勉强出动两干人马。”
“什么？”松平容保简直难以置信。
德川家康创建江户幕府，设计了一整套精巧、严厉的制度。他本人最能忍耐，人称“老乌龟”，却最强调令行禁止。在江户幕府的历史上，幕府一向说一不二，外藩罕有敢违逆幕府者。
萨摩藩之前答应得好好的，事到临头却临时变卦，摆明了就是不服幕府。换在德川幕府早期，不说是德川家康，就是其他将军，也一定不能忍受，准会掉转枪头征伐萨摩藩。
大致王朝初期，权威很高，令行禁止，地方无不服从。到了王朝末期，权威下降，地方阳奉阴违，甚至公然反叛。满清如此，日本同样如此。
幕府孱弱已久，西南雄藩对井伊直弼把持幕政久有不服。此次征长，幕府还指望萨摩藩出大力呢，并不敢过于威逼萨摩。若真把萨摩逼反了，萨摩、长州联手，幕府军绝非其对手。
松平容保强忍怒气，问道：“你们主公呢？怎么不过来见我？”
这就是自取其辱了。西乡隆盛脸上闪过一丝不屑，说道：“实在是不凑巧，我家主公得了急病，卧床不起，不能亲自过来拜见总督大人，还请总督大人见谅。”
日本承平上百年，难得有一次大征伐。按规矩，幕府召集各藩出兵，各藩藩主都得亲自挂帅，率领本藩精兵强将出征。