虽然有朱由检的乱入，但朱由检还是笃定历史上的宁远兵变仍然不可避免。
据史料记载，二十五日，宁远发生兵变，哗变首先是由从四川、湖广调来的部队发起的，以杨正朝、张思顺等为首。
他们先秘密串联，再集中到广武营，会盟歃血，率先兵变。接着，事态不断扩大，影响迅速蔓延，其余十三营起而响应。哗变的官兵涌入巡抚衙门，将辽东巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳等人，从衙门拉出来，加以捆绑，囚于谯楼。
而历史上的宁远兵变又是怎么平息的呢？没错，是袁崇焕一人平息的，其过程简直可以拍成一部个人英雄主义电影。
第一步，袁崇焕单骑出关。袁崇焕八月初六日到达山海关，次日就马不停蹄单骑出关，不带随从，驰往宁远。这充分表现出袁督师的果断、干练、勇敢与侠气。
第二步，迅驰入营。袁崇焕到宁远后，没有到巡抚衙门，没有会见同僚，没有会见朋友，也没有了解兵变情况，而是“至宁远未入署，即驰入营”。就是驱骑急进，直入兵营，要取得迅雷不及掩耳的效果。
第三步，攻心为上。“宣上德意，各兵始还营伍”。袁崇焕迅速赶到兵营后，利用原来的威望与情感，安抚士兵，宣抚慰劳，使得骚动官兵各回营伍。
第四步，密定计划。“崇焕与道臣郭广秘图”，就是袁崇焕与掌握实际情况的郭广等秘密商量，制定计谋，采取措施。
第五步，宽宥事首。袁崇焕“召首恶杨正朝、张思顺至膝前，谕以同党能缚戎首即宥前罪之旨，令报诸逆者名，擒之赎死。二凶唯唯。”宽宥事首张正朝、张思顺，先瓦解哗变官兵上层内部。
第六步，剪除“次恶”。将“次恶”田汝栋等十五人捉获，“崇焕令郭广当堂认识，俱当日向前首恶，即令枭示”，将他们戮于市，进行震慑。
第七步，擒叛立功。杨正朝、张思顺两位哗变的首领，因为“擒叛有功”，经奏报朝廷，将他们“发前锋立功”。
第八步，分别处理。中军吴国琦斩首；参将彭簪古受斥责；都司左良玉等四人被黜免；通判张世荣、推官苏涵淳因贪虐引起哗变，受到降职斥责；总兵官朱梅解职。
第九步，奖励祖营。都司祖大乐所率一营官兵，没有参加哗变，受到奖励。
第十步，奏报朝廷。袁崇焕向朝廷详奏宁远兵变经过、原因、处理及善后事宜，并得到崇祯皇帝的批准。
这十步走下来，袁崇焕干净利索、迅速漂亮地平息了这场宁远兵变，稳定了辽东军局势。
而袁崇焕也是通过这一次神操作，充分获得辽东军上上下下的信赖，几乎使得辽东军成为袁家军。
但是，袁崇焕这些神操作，大概率是和辽西将门集团联手主导的自导自演事件，毕竟从结果来看，宁远兵变后，袁崇焕彻底掌握辽东军，以祖家为首的辽西将门集团，亦从朝廷获得大量的好处，朝廷供给的辽饷，从每年五百万飙升至八九百万，乃至上千万。
而代价便是整个大明都在为日益高涨的辽饷买单，朝廷财政彻底崩溃，百姓越发民不聊生，再加上西北干旱连年，最终把偌大的大明王朝生生拖垮。
听到朱由检言之凿凿，声称辽东将发生兵变事件，张朝忠不由急道：“陛下，关宁防线关乎京畿安危，倘若生变，建奴再趁机南下，那大明则将陷入危如累卵的境地！”
朱由检摆摆手，淡淡的道：“你也无须太过担忧，虽然近段时间以来大明各地烽火连天，但西南的奢安之乱已被四川巡抚朱燮元、石柱总兵秦良玉、四川总兵杜文焕、贵州巡抚王三善等人平定，不日石柱总兵秦良玉将率领一万白杆兵前来拱卫京师。
西北方面，流贼之乱和秦王之乱亦被洪承畴、卢象升、孙传庭、杨嗣昌等人平定，不日卢象升、孙传庭、杨嗣昌将率领两万秦军前来拱卫京师，曹变蛟和茅元仪亦将率领五千勇卫营和一万新军回师京城。
再加上朕带去大同的六万御林军亦陆陆续续赶回京城，京城可战精锐当有十万以上，即使建奴打破山海关兵临京师城下，也休想灭我大明社稷。”
不知不觉，朱由检手里的可战之兵亦有十万之众了，这十万大军无疑是他掌握朝政最大的底气。
“陛下英明神武，固然无惧建奴，可建奴当真打入京畿重地，那京畿百姓可就要遭殃了。臣愿向陛下立军令状，此去辽东，臣一定将辽东兵变抚平，并慑服辽东军上上下下，让辽东军成为对陛下忠贞不二的军队！”张朝忠信誓旦旦的道。
朱由检看了他一会，才摇了摇头道：“你未免太过小看辽西将门集团了，以这种心态前往辽东，朕怕你会折戟沉沙，在辽东吃一个大亏。”
“辽西将门集团？”张朝忠疑惑的道：“臣只听说昔日辽东李氏将门起自李成梁，李成梁蓄养家丁，纵横辽东，所向披靡，连老酋头努尔哈赤都在李成梁门下听用，不敢有半点违逆。
但自李成梁故去之后，李氏一门声势日衰，萨尔浒之战后，辽东李氏故旧部曲已无复存，恕臣直言，陛下口中这个所谓的辽西将门集团，臣从未听说过。”
朱由检回道：“李氏一门固然声势日衰，但新进崛起的辽西将门集团却远比李氏危害更甚。辽西将门集团以祖氏一门为首，祖氏家主祖大寿，其父祖承训，号双泉，是明朝万历年间镇守宁远的援剿总兵官祖仁的次子，随李成梁东征西伐，因抵御蒙古骑兵作战有功，不断得到提拔，出任辽东副总兵。
祖大寿家学渊源，于泰昌元年为官，授职靖东营游击，曾被经略熊廷弼上奏表彰。天启元年为广宁巡抚王化贞部属，任职中军游击。
辽东军相继取得宁远、宁锦两场大捷后，祖大寿凭军功升任辽东前军总兵，挂征辽前锋将军印，驻守锦州。
随着祖大寿地位的迅速上升，祖氏满门都获封官职。祖大寿的兄弟祖大乐、祖大成、祖大弼，子侄祖泽远、祖泽沛、祖泽盛、祖泽法、祖泽润、祖可法等，都是上自总兵、下至副将、参将、游击的各级军官，分驻宁远、大凌河、锦州诸城。
除此之外，祖家还积极和辽西将门集团的其他将领联姻，编织成千丝万缕的关系，在辽东堪称一手遮天。
如果祖家仅仅只是在辽东关起门来当土皇帝，朕还能睁一只眼闭一只眼，可辽西将门集团，打着辽人守辽土的名义，把那些从建奴屠刀底下逃亡而来的辽东生民，当做为自己屯田出兵的私奴。
他们畏惧建奴如虎，不敢出城与建奴野战，但是对于那些逃亡而来的辽东生民却从来不放在眼里，视他们如牛羊一般，任意驱使。