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黄帝内经》分为《素问》和《灵枢》两部分。
《素问》重点论述了脏腑、经络、病因、病机、病证、诊法、治疗原则以及针灸等内容。
《灵枢》是《素问》不可分割的姊妹篇，内容与之大体相同。除了论述脏腑功能、病因、病机之外，还重点阐述了经络腧穴，针具、刺法及治疗原则等。
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折叠素问目录
南朝·全元起篇
卷一，平人气象论第一，决死生篇第二，脏气法时论第三，宣明五气篇第四，经合论第五，调经论第六，四时刺逆从论第七，凡七篇。
卷二，移精变气论第八，玉版论要篇第九，诊要经终论第十，八正神明论第十一，真邪论第十二，标本病传论第十三，皮部论第十四，气穴论第十五，气府论第十六，骨空论第十七，缪刺论第十八，凡十一篇。
卷三，阴阳离合论第十九，十二脏相使篇第二十，六节藏象论第二十一，阳明脉解篇第二十二，五脏举痛第二十三，长刺节篇第二十四，凡六篇。
卷四，生气通天论第二十五，全匮真言论第二十六，阴阳别论第二十七，经脉别论第二十八，通评虚实论第二十九，太阴阳明表里篇第三十，逆调论第三十一，痿论第三十二，凡八篇。
卷五，五脏别论第三十三，汤液醪醴论第三十四，热论第三十五，刺热篇第三十六，评热病论第三十七，疟论第三十八，腹中论第三十九，厥论第四十，病能论第四十一，奇病论第四十二，凡十篇。
卷六，脉要精微论第四十三，玉机真藏论第四十四，刺疟篇第四十五，刺腰痛篇第四十六，刺齐论第四十七，刺禁论第四十八，刺志论第四十九，针解篇第五十，四时刺逆从论第五十一，凡八篇。
卷七，阙。
卷八，痹论第五十二，水热穴论第五十三，从容别白黑第五十四，论过失第五十五，方论得失明著第五十六，阴阳类论第五十七，四时病类论第五十八，方盛衰论第五十九，方论解第六十，凡九篇。
卷九，上古天真论第六十一，四气调神大论第六十二，阴阳应象大论第六十三，五脏生成篇第六十四，异法方宜论第六十五，咳论第六十六，风论第六十七，厥论第六十八，大奇论第六十九，脉解篇第七十，凡十篇。
以上八卷，合七十篇也。
唐·王冰篇
摄生，阴阳，脏腑，治法，脉法，病机，病证，刺法，精气血，运气，四诊合参
卷一，上古天真论篇第一，四气调神大论篇第二，生气通天论篇第三，金匮真言论篇第四。
卷二，阴阳应象大论篇第五，阴阳离合论篇第六，阴阳别论篇第七。
卷三，灵兰秘典论篇第八，六节藏象论篇第九，五藏生成篇第十，五藏别论篇第十一。
卷四，异法方宜论篇第十二，移精变气论篇第十三，汤液醪醴论篇第十四，玉版论要篇第十五，诊要经终论篇第十六。
卷五，脉要精微论篇第十七，平人气象论篇第十八。
卷六，玉机真藏论篇第十九，三部九候论篇第二十。
卷七，经脉别论篇第二十一，藏气法时论篇第二十二，宣明五气篇第二十三，血气形志篇第二十四。
卷八，宝命全形论篇第二十五，八正神明论篇第二十六，离合真邪论篇第二十七，通评虚实论篇第二十八，太阴阳明论篇第二十九，阳明脉解篇第三十。
卷九，热论篇第三十一，刺热篇第三十二，评热病论篇第三十三，逆调论篇第三十四。
卷十，疟论篇第三十五，刺疟篇第三十六，气厥论篇第三十七，咳论篇第三十八。
卷十一，举痛论篇第三十九，腹中论篇第四十，刺腰痛篇第四十一。
卷十二，风论篇第四十二，痹论篇第四十三，痿论篇第四十四，厥论篇第四十五。
卷十三，病能论篇第四十六，奇病论篇第四十七，大奇论篇第四十八，脉解篇第四十九。
卷十四，刺要论篇第五十，刺齐论篇第五十一，刺禁论篇第五十二，刺志论篇第五十三，针解篇第五十四，长刺节论篇第五十五。
卷十五，皮部论篇第五十六，经络论篇第五十七，气穴论篇第五十八，气府论篇第五十九。
卷十六，骨空论篇第六十，水热穴论篇第六十一。
卷十七，调经论篇第六十二。
卷十八，缪刺论篇第六十三，四时刺逆从论篇第六十四，标本病传论篇第六十五。
卷十九，天元纪大论篇第六十六，五运行大论篇第六十七，六微旨大论篇第六十八。
卷二十，气交变大论篇第六十九，五常政大论篇第七十。
卷二十一，六元正经大论篇第七十一，刺法论篇第七十二(遗篇)，本病论篇第七十三(遗篇)。
卷二十二，至真要大论篇第七十四。
卷二十三，著至教论篇第七十五，示从容论篇第七十六，疏五过论篇第七十七，徵四失论篇第七十八。
卷二十四，阴阳类论篇第七十九，方盛衰论篇第八十，解精微论篇第八十一。
折叠灵枢目录
卷一、九针十二原第一，本输第二，小针解第三，邪气藏府病形第四。
卷二、根结第五，寿夭刚柔第六，官针第七，本神第八，终始第九。
六腑，即胆、胃、大肠、小肠、膀胱和三焦。
奇恒之腑也属于腑，但又异于常。系指脑、髓、骨、脉、胆和女子胞。这里边胆即是大腑之一，又属于奇恒之腑。
脏腑虽因形态功能之不同而有所分，但它们之间却不是孤立的，而是相互合作、相互为用的。
经络系统可以分经脉、络脉和腧穴三部分。经脉有正经十二:手太阴肺经、手阳明大肠经、足阳明胃经、足太阴脾经、手少阴心经、手太阳小肠经、足太阳膀胱经、足少阴肾经、手厥阴心包经、手少阳三焦经、足少阳胆经、足厥阴肝经。十二经脉首尾相联如环无端，经气流行其中周而复始。另有别于正经的奇经八脉:督脉、任脉、冲脉、带脉、阴跷脉、阳跷脉、阴维脉、阳维脉。(注:“奇经八脉“一名始于《难经·二十七难》)
经脉之间相交通联络的称络脉。其小者为孙络不计其数;其大者有十五，称十五络脉。《灵枢·经脉》叙述的非常详细。
腧穴为经气游行出入之所，有如运输，是以名之。《黄帝内经》言腧穴者，首见《素问·气穴论》，再见于《素问·气府论》，两论皆言三百六十五穴。实际《气穴论》载穴三百四十二，《气府论》载穴三百八十六。
精气神为人身三宝。精，包括精、血、津、液;气，指宗气、荣气、卫气;神，指神、魂、魄、意、志。精和气是构成人体的基本物质，气和神又是人体的复杂的功能，也可以认为气为精之御，精为神之宅，神为精气之用。
折叠病机学说
研究疾病发生、发展、转归及变化等等之内在机理的学说称病机学说。
《素问·至真要大论》所说“审察病机，无失气宜“、“谨守病机，各司其属“都是此学说的内容。
1.病因:引起人发病的原因很多，《黄帝内经》将其归纳为二类。风雨寒暑实为“六淫“的概括;阴阳喜怒乃“七情“的概括;饮食居处即“饮食劳倦“。可以认为这就是后世三因说之滥觞。