火影办公室，宇智波鼬报告，“宇智波止水是宇智波一族中年轻人的中坚力量，他的自杀使得宇智波的士气和战斗力瞬间下降。”转寝小春道，“就结果而言，还是扼杀了叛乱的萌芽啊！”猿飞心痛不已，“难道止水也只能用自杀的方式来阻止他们吗？是不是我把他逼得太紧了呢？”团藏还在装好人，其实他的右眼已经换上了止水的写轮眼，“貌似宇智波一族之中，有人是怀疑你杀了止水。”
鼬道，“我和止水一样，所做的一切都是为了宇智波。只有不明白这一点的人，才会说出这样的话。止水没有出现在汇合地点！”鼬是在警告团藏，团藏也害怕事情败露，“因为隐藏的秘密受到怀疑吗？让暗部正式传达止水自杀的消息吧！没问题吧，猿飞？”猿飞同意了，他只是觉得事情有些蹊跷。
晚上，南贺神社，宇智波鼬来到这里，再次观看了祖传的石碑。现在拥有万花筒写轮眼，他看到了更多的内容。
宇智波鼬继续在暗部的生涯，某个夜晚，卡卡西带领第六班的暗部忍者，与一群潜入森林的草忍进行了激战，宇智波鼬的幻术和手里剑大放异彩，一多半的草忍都是他解决掉的。这个时期，copy忍者卡卡西的大名轰动忍界。为首的草隐上忍被卡卡西的雷切所杀。战斗结束后，大和道，“前辈的大名流传真广啊！”一个暗部道，“干了那么多年，当然有名气了。”卡卡西道，“处理现场，别留下任何与木叶有关的痕迹。”大和道，“是、是，知道了。”
鼬道，“毕竟是在暗部，见不得光的任务是家常便饭。”战斗结束后，大家在树下休息。鼬道，“队长你说过，你的写轮眼是朋友托付给你的。”卡卡西道，“连同他的意志。”鼬道，“朋友的意愿，是不是非要回应不可呢？”卡卡西道，“我个人认为是的。宇智波止水的事情我知道，和这有关吗？”鼬道，“不，没什么。”卡卡西道，“虽然帮不上太多的忙，但如果遇到什么难题，尽管开口。”鼬答应。
南贺河，宇智波鼬来到这里吊祭止水，“止水，自那之后，情况变得更加恶劣了。村子和宇智波我都保护不了啊！”
宇智波鼬加入暗部大约1年多了，木叶高层召见卡卡西与鼬。团藏道，“随着任务增加，现在决定增设暗部班，队长就由鼬来担任。”鼬应诺。小春道，“我不反对，不过你真年轻啊！几岁了？”鼬道，“13岁。”团藏道，“有人成为上忍的时候，比他还年轻呢！”团藏说的是卡卡西。门炎道，“进暗部两年就当上队长了啊！”小春道，“是暗部队长里最年轻的一个吧！”团藏道，“新班的队员，由我的暗部出人。”从始至终，猿飞都没有说话，他的心情很沉重。
离开火影办公室，卡卡西道，“你将被调去团藏的暗部。”鼬道，“大概吧！”卡卡西提醒，“别被卷入上层的政治斗争里。”鼬喊住要走的卡卡西，说了类似诀别的话，“这两年承蒙关照了！”卡卡西道，“你只是换个部门而已，照样还是木叶忍者，又不是要离开这里。”
第三演习场，大和道，“他才13岁，真让他担任暗部队长吗？”卡卡西道，“毕竟他不是普通的忍者。”大和道，“即便拥有写轮眼，13岁担任队长也是破格提拔了。”而顶替宇智波鼬补入第六班的人就是疾风的恋人卯月夕颜。
虽然止水死亡，但宇智波一族叛变的步伐并没有停下来。宇智波富岳召见了族中的中上忍，看着黑压压一片的高级忍者，富岳很满意，“希望你们能服从命令！”众人一起应诺。富岳表情严肃，他知道这次政变成功的几率不大，但事到如今，也只好铤而走险了。
十三岁的宇智波鼬被任命为暗部的队长，而实质上是团藏想要纳为己用，鼬继续向团藏透漏着宇智波家族的情况。宇智波鼬面见团藏，团藏道，“我收到报告，警备队正在强化武装。这究竟是什么意思？”鼬道，“宇智波对村子的不满再次升级了。”团藏道，“不能再这样下去了。”
火影办公室，卡卡西参见火影，宽袍大袖的结界班班长卡柯伊也在那里。猿飞道，“木叶的结界系统你应该知道吧？”卡卡西道，“就是那个能感知擅自入侵村子的人的系统吧？”猿飞道，“似乎有人突破了结界，几次三番地进入村子。”结界班长卡柯伊道，“穿过结界的暗号术式，在木叶只有一小部分人知道，可能是叛徒泄露了信息。或者存在有能力解开结界术式的忍者。”
猿飞道，“如果是叛徒，可以通过改变术式来排查。但我更愿意相信有忍者能穿过结界，虽然我也不想承认。我要你去调查这件事！”结界班长卡柯伊将部分结界配置图交给了卡卡西，“有些地区的反应频率很高。”其中反应频率高的地区就是宇智波的地区周边。卡柯伊道，“如果可以，我们也想在那边设置结界系统。但那里是他们的自治区，所以没法出手。”猿飞道，“行动时注意，别让人发现是暗部在进行调查。”
宇智波区的庭院，漩涡闪动，阿飞出现在那里，他戴着橘红色夹杂黑色条纹面具，穿着黑色长袍。阿飞察觉有异，急忙空间瞬移消失。树后，宇智波鼬戴着暗部面具出现。鼬非常细心，他对这个人的身份和能力感到十分震惊。
忍者學校，阿凯在远处观察那些學生。鸣人正在向佐助挑衅，“听着，我绝不会输给你这种人的！”佐助没好气，“吊车尾一边吵吵去！”两人话不投机，吵成一团。晶臧苦着脸在二人中间劝解。阿凯看得直摇头，卡卡西走过来，“你怎么在这里？这时候来學校做什么？”阿凯道，“是这样，我成了指导上忍。”卡卡西忍住笑，“你当下忍的老师？”阿凯道，“是啊！但说实话，我很不放心。不知道会负责什么样的學生。”