嘉靖三十六年，蒋洲在汪直的帮助下，和倭国山口、丰后二国的国主源义长、源义镇都达成了协议，倭国归还被掠人口，并备方物入贡。胡宗宪以此事上奏朝廷，得到了支持，圣旨诏胡宗宪厚赉其使，使之还。十月，汪直终于率领部分人马和贸易船队，前往浙江，倭国方面则派出了使者善妙等人，以及蒋洲一同从五岛出发，搭乘汪直船队前来通贡互市，最后到达浙江岑港。但是途中遭遇台风，蒋洲的船只先行到达，遭到官方的怀疑，因此蒋洲遭到逮捕。
稍候到达的汪直等船队得知这一消息后在舟山停滞不前，被明军水师团团包围，在胡宗宪慰劝下，汪直亲自来到定海关，向其投降。
胡宗宪慰劝汪直至杭州谒巡按王本固，嘉靖三十七年二月五日他在杭州西湖游玩期间被王本固诱捕，下狱时亦连声追问：“吾何罪？吾何罪？”还写下了《自明疏》，他首先说明：“窃臣汪直觅利商海，卖货浙、福，与人同利，为国扞边，绝无勾引党贼侵扰事、情，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反罹籍没家产，臣心实有不甘。”接着他向朝廷报告倭国的情况：“日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长。”最后他向皇帝恳请：“如皇上仁慈恩宥，赦臣之罪，得效犬马微劳驰驱，浙江定海外长涂等港，仍如广中事例，通关纳税，又使不失贡期。”
汪直极力建议将广东允许开放通商口岸，设立海关收取关税的做法，推广到浙江沿海，并且恢复与倭国的朝贡贸易关系。如此，东南沿海的所谓“倭患”就可以得到解决。历数自己剿贼的功劳后，他仍祈求皇帝开放海禁，并承诺“效犬马微劳驰驱”，愿为朝廷平定海疆。
此间，明廷命令攻击舟山的毛海峰、大友家朝贡船队，毛海峰据山而守，明军屡攻不克。毛海峰和大友船队趁机打破包围，扬帆而去。此后毛海峰等率领汪直的旧部多次进犯福建沿海。
嘉靖三十八年十二月二十五日，汪直被斩首于浙江省杭州府官巷口，临刑前见儿子最后一面，父子抱持而泣，汪直拿一根髻金簪授其子叹曰：“不意典刑兹土！”伸颈受刃，至死不挠。
汪直被处死后，由于群龙无首，倭寇之患又严重起来。据朝中传言：胡宗宪许汪直以不死，其后议论汹汹，遂不敢坚请。假宥汪直，便宜制海上，则岑港、柯梅之师可无经岁，而闽、广、江北亦不至顿甲苦战也。然而这一切终成泡影，汪直死前所说的“死吾一人，恐苦两浙百姓”一语成谶，很快“新倭复大至”，闽广遂成倭患的重灾区。一直到嘉靖末年、隆庆初年，才由戚继光、俞大猷前赴后继，耗费极大的功夫基本平定。隆庆此后开通沿海贸易，取消海禁，倭患至今终于平定。
一番颠来倒去的是是非非，追根究底，不过是市井小民走投无路之下，不得不以身犯险，来往大海的无奈之举。是民是寇，边界难辨，但在被逼上梁山的绝境之下，哪怕毫无反叛之心，也会因各种阴暗陷害而被迫成为寇。假寇变真寇，以致于引来了外来国度的匪徒，在自家领土之上撒野，如入无人之境。海禁，有禁便有破，便是屡禁不止，终成大患。自大禹以来，就有堵不如疏的古老智慧传下，朝廷在付出了惨重代价之后，最终还是开启了海禁，采用了疏通的做法。
孟旷此刻仿佛能够体会到汪家人的仇恨和无力感。他们不过是想讨生活罢了，也许汪直确实作了恶，但他为浙、闵、广等东南沿海的老百姓谋得了实实在在的平宁安稳，民间称他“净海王”，在百姓心中他其实是有相当好的口碑的。汪直死了，死在了阴暗的朝政官场争端之下，他的死，是王本固这等满心阴暗之辈给政敌下绊子的结果；是胡宗宪身处口诛笔伐、众口铄金间无奈祭出的挡箭牌；也是皇帝与朝廷对一代海上霸主卧榻之侧岂容他人酣睡的忌杀。
他死得太冤，死得极为不甘。树倒猢狲散，曾经汪直的那些义子，他麾下的海盗头头们都已死的死，散的散，似乎被遗忘在了历史的尘埃之中。其子汪信蛰伏数十载，未有半点动静，却没想到培养出一个心思极深的孙子——汪明。汪明改换姓名，成为了南衙镇抚使汪道明，并伺机复仇。汪道明的目的，绝不仅仅是向王本固、胡宗宪这些具体的人物复仇，这些人也早就死去，他已然失去了复仇的目标。汪道明要做的，就是要让明廷再经历一次更大的倭乱，要让明廷再度想起曾经冤杀的汪直，让皇帝和朝廷后悔不迭，吞下苦果。
他甚至还可从中牟利，以图东山再起。
然而他只考虑到了他的私仇，却未曾考虑到遭受倭患的百姓该当何如。百姓又何其无辜，要承担他复仇所带来的沉重代价。倭患也许会使朝廷蒙受损失，但必定会使百姓生灵涂炭。无论如何，汪道明这是在作恶，不论他有多么天大的理由，孟旷都不会原谅他，他不仅害死了自己的父兄、迫使孟家离散，更将会引来极大的兵燹之灾。
杀死汪道明，已不仅仅只是孟旷个人的复仇，而成为了阻止倭患进一步恶化的必行之举。